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了，掌握了荆州的桓温就此一步步坐大。
庾爱之被罢免后，桓温以征虏将军刘惔监沔中军事，代替庾方之担任义成太守。桓温的这个举动除了打击庾氏，同时也拉拢盟友，因为刘惔之妻是庐陵公主司马南弟，他跟桓温是连襟，其妹又是谢安之妻。
司马氏皇族一边倚靠士族门阀，一边想着制造所谓的平衡，而在各家士族，则无不想着怎么利用司马氏这块招牌，为自家谋取最大好处。从抬高外戚庾氏压制王氏，继而以桓温打压势大的庾氏，桓温难制后又重新重用王、谢，危机暂时消失后马上挑动王、谢内斗，东晋从建立伊始就陷入从无休止的内耗。
桓温诛除异己时，逼迫新蔡王司马晃出首之人，就是被襄阳名士习凿齿引为知己的桓秘。庾冰的几个儿子里，庾倩、庾柔被下狱论死，庾友因为儿子娶了桓秘之女求情得免，庾蕴饮毒身亡子孙幸免，庾希、庾邈则逃入海陵陂泽，得到表兄青州刺史武沈暗中供应粮饷。
东晋咸安元年（371年）六月，庾希与武沈之子武遵在沿海地区招聚渔民、掠夺船只，次年桓温发现其行迹后派军队前去搜捕。庾希等人却趁夜间攻入京口，召集囚徒发放兵器，称是奉密旨诛除桓温，先被逃跑到曲阿的晋陵太守卞耽征发乡兵二千击败，退守城池后东海太守周少孙奉桓温命令前来征讨，攻克京口擒获庾希等人送至建康斩首。
庾氏受诛后，面对桓温的威势，时任侍中的谢安远远见到桓温，也会俯首遥拜，并以曾在其幕下任职旧事，将二人关系称作君臣。至司马昱死后，群臣因畏惧桓温，竟无人敢拥立太子，等待桓温来决定，尚书仆射王彪之站出来反对，十岁的太子司马曜才得以继位。
但这样的结果，所有人都害怕桓温不满，再带兵入朝来一次政变。于是褚太后提议让桓温摄政，又是王彪之阻止，仅以谢安征桓温入朝辅政，赐羽葆、鼓吹，武贲六十，桓温没有接受也不入朝，因为此时的他已经身感不适。