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卫、镇计二万余人，另外还有三千五百名官兵分为二百五十九个汛，分守诸罗、凤山等地戎镇社番、绥靖地方。
五月底台湾突降冰雹，以上天示警与民生息为由，郑克臧说通朱锦再释五千老兵返乡耕种以加强明郑政权对东宁各地的控制，至此郑军陆师的兵力最终限定在一万五千人，不过童子军逆势扩大为两镇四标十六营约计三千人，其中半数为黑人奴军。
除了对陆师进行整顿以外，郑克臧还委任宿将林升为水师总统驻兵澎湖整理水军。不过水军的整顿较为复杂，各镇山头林立，即便林升也无法压制，因此迟至六月初才完成整顿，期间还出现朱天贵因不满整顿结果率一部人船投靠清廷的变故，最终郑军水师只余各种战船三百只，水军总兵力二万七千余人，而编余的近万人及一百三十余条大小船只或被郑克臧派去捕鲸或拨入户部成为商船、民船，至此“台湾稍安”