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带有气孔的金属容器中，用明火烘干，待锅中不再冒烟后，让已碳化的硬木自然冷却。随后，用冷水清洗去灰尘和杂质，沥干水分，将木炭磨成粉末，再风干，活性炭便制作完成了。
接着，秦怀玉拿出一个透明的琉璃瓶子，这是他在酿酒时使用的。他将漏斗放置在瓶口，漏斗口夹了一块棉花，然后通过漏斗将培养液过滤进瓶子中。
之后，他往瓶子中倒入三倍于培养液的菜油。由于秦府早已习惯食用炒菜，因此菜油的存在并不奇怪。接着，秦怀玉开始搅拌，直到瓶中的液体明显分为三层。他小心地将上面两层液体舀出，只保留最下面的水状物。这是因为水和油的区别非常明显。
然后，他加入事先准备好的碳粉，持续搅拌，直到碳粉完全吸收所有液体。接下来，他用蒸馏水清洗炭，再分别注入酸性水和碱性水。经过这一系列操作后，得到的液体再通过放了棉花的漏斗过滤一次。最终，得到的液体就是青霉素溶液。秦怀玉将青霉素溶液滴入已准备好的培养皿中，并盖好盖子。
完成这一系列操作后，秦怀玉对孙思邈说：“接下来我们要等七天。如果溶液周围出现圆圈，那就说明我们成功了；否则，我们需要重新开始操作，直到成功为止。”
七天的时间，对于秦怀玉和孙思邈来说，仿佛比七年还要漫长。他们每日都要检查培养皿中的青霉素溶液，尽管秦怀玉已经告诉他们这是必要的等待，但内心的焦虑却难以平息。每当夜幕降临，秦怀玉都会站在窗前，仰望星空，似乎在寻找那遥不可及的答案。
终于，到了第七天的黄昏时分，孙思邈颤抖着双手，将培养皿取了出来。他们的目光紧紧盯着那透明的液体，期待着奇迹的出现。只见在青霉素溶液的周围，渐渐出现了一圈又一圈的透明圆环，仿佛在宣告着他们的成功。
孙思邈激动地握住秦怀玉的手，眼中闪烁着泪光：“成功了！秦小子你成功了！”秦怀玉也激动得说不出话来，只是用力点头，眼中满是欣慰与自豪。
在随后的日子里，孙思邈进行了动物实验，以验证青霉素的效果。正如秦怀玉所言，青霉素确实是一种神奇的消炎药。如果能在战场上使用，将能挽救更多大唐士兵的生命。
当秦怀玉向孙思邈传授青霉素的制作方法时，他特地提醒他，如果青霉素用于人类治疗，务必先进行皮肤测试。因为有些人会对青霉素产生过敏反应，错误使用可能危及生命。
这段时间里，秦怀玉向孙思邈传授了许多现代医学知识。尽管秦怀玉并非医学生，但他为孙思邈提供了方向和建议，为孙思邈的后续研究奠定了基础。