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冷静，愣是不听，现在好了真要把刘锦棠变成光杆司令，让刘锦棠去拿什么跟阿古柏打。”，左宗棠大人这一次是真生气了。刘锦棠此时手底下没什么兵马，无法继续进攻，只能换成防守阵势，坐拥地利，与阿古柏的军队对峙，这是刘锦棠将军唯一能够想出来的好办法了，其他的想法都不太现实，只有这么多的士兵，不能那他们的嘛命去冒险。此时有了援军的金顺开始攻打玛纳斯。他让清军用火炮日夜攻城，又在城外修筑战壕，士气一时无两，可即便如此，城还是没打下来，清军死伤惨重。此时徐学功对金顺说，我们围城这么久，顽敌应该也没什么吃用了，不如咱们招降他们吧，说不定他们为了一线生机能够答应呢。对于这个建议金顺不肯采纳，他打了这么久还没破城，心里一肚子火。
金顺和徐学功都恨不得把那些敌人全宰了，怎么可能去招降他们。金顺让清军挖地道，在城底下埋炸药，把城墙炸开，然后让清军从城墙缺口往里冲。可是城中的守军也是悍不畏死，拼命堵塞豁口，一时间，在豁口处死尸堆积成山，拼到最后清军的优势大一些，敌军的指挥也被火炮炸死，这样又打了一段时间，玛纳斯的守将终于决定投降了，可是他们的投降也算是诈降好了，可这些人投降也不老实，那些兵士混在百姓中一起出城，还带着武器，金顺担心有诈，就让城里的人放下武器，可那些人却不肯，还向清军发动攻击，那清军也是严阵以待，见是如此，就一鼓作气，也不管是兵还是百姓了，全都杀戮一空。就这样玛纳斯终于被金顺给打了下来。不过这一战，清军虽然胜了，也是惨胜而已，对于金顺，左宗棠对刘锦棠说，金顺这人只知道贪功，难成大事。不过在向朝廷禀报战事时，左宗棠却没有批评金顺，这就是他的聪明之处，毕竟在这种关键时刻，要维护军队的团结一致，才可以在最大的限度内去争取胜利。
紧接着，金顺的部族进入到了玛纳斯以后，他多月以来积压的仇恨全部都发泄到了那些叛军的头上，清军破城后，金顺所部率先入城，面对城内数不尽的百姓尸首，这些都是叛军在城破前处死的无辜老弱妇孺，真是丧尽天良，见此情景，清军将领金顺莫不悲伤，再加上3个月来那么多牺牲的战友，金顺震怒了，他不顾左宗棠“杀人过多，有失民心，不利屯田。”的告诫，将活捉的数千名叛军全部斩首示众。随后刘锦棠等部清军一起入城，清理尸首，安抚幸存的1500名百姓，玛纳斯这才回到祖国的怀抱。
随后，随着清军收复玛纳斯，阿古柏在北疆最后一个据点就此被清军拔除，左宗棠收复了整个天山以北的北疆地区（除了沙俄侵占伊犁外），左宗棠收复新疆的目标完成了一半，自肃州誓师出关以来，清军用1年多的时间就收复了北疆，不得不说是一个奇迹，玛纳斯之战后，冬季也来临了，新疆的冬季格外寒冷，更要命的是，大雪通往南疆的通道全部阻断了，左宗棠想乘胜南下的计划暂时被搁浅，再加上1年多的战事，使得清军将士也非常疲惫，继续休整。于是，左宗棠决定暂时停止进攻，养精蓄锐，以待天气好转后再做打算。
随即，沙俄方面已经震动了，沙皇亚历山大二世已经是处于一种十分震惊的状态了，他居然想不到清军在短短的一年多的时间里收复了整个北疆地区，而且他连巴尔喀什胡都没占下来，自己的士兵也已经伤亡在了三万多人以上，亚历山大二世顿时有点后悔去扶持那个阿古柏的叛军政权了，假如万一真的把清军惹怒了，估计自己还要再签一次城下之盟，那太不值了，但是亚历山大二世坚持自己的原来想法，哪里都可以丢，伊犁不可以丢，这是底线和原则。
随即，清军从乌鲁木齐开拔，进军南疆地区。