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查理的惊人成长让他们觉得萎缩，也突出了他们的低能。
于是查理被赶出了面包店。
智慧离间了查理和所有他爱的人，也让他比以前更孤独。
查理回去到找他的父亲，父亲却已经认不出他来了。
查理和相恋的老师也渐行渐远，因为他的智商仍在快速提升，纪尼安小姐已经跟不上了。
最终，查理找到那只名叫阿尔吉侬的小白鼠，带着它搬走了。
但没过多久，查理就发现阿尔及那越来越不对劲，它变得暴躁且失控。
原来手术的机理是错误的，手术只能把智商临时提高，然后急剧下降。
查理意识到自己也会走向这个结局，但他还是在给医生的信中写道：“我还是很高兴能为人类心灵的运作与人工增长智能的控制法则，带来一点小小的贡献。”
没多久，阿尔吉侬就死了，查理没有把它焚化，而是装在一个容器里带回了家，埋在了后院。
查理去拜访了许久未见的妈妈，但此时妈妈已经神志不清认不出他了，他们说了很多话。
他也见到了自己的妹妹，妹妹长大了，不再讨厌查理。
但是当查理和妹妹说话的时候，神志不清的母亲突然拿着刀冲了出来，警告查理这个不正常的人远离妹妹。
就像小时候一样。
查理萌生了自杀的念头，但他最终放弃了这个想法，他要记录自己身上发生的事，这是他最后能做的一些对人类有用的工作。
情况持续恶化，查理重读自己写的进步报告，他甚至觉得这是出自他人之手，他读不懂其中的大部分内容。
连篇的错别字也再次在后面的报告中出现。
傻查理又回来了。
他说：“拜托，上帝，不要把所有的东西都收回去。”
“拜托……拜托不……不要让我忘记怎么读和怎么写……”
手术彻底失败了。
查理再次回到了面包店，新来的员工欺负查理，老朋友狠狠教训了新员工。
老朋友恨他是真，为他难过也是真，此时帮他出头也是真，但是查理已经弄不懂这背后的逻辑关系了。
他说：“有朋友真好……”
查理又去低能中心上课了，见到了昔日的老师，他说：“哈罗纪尼安小姐我今天已准备好要上课只是我弄丢了我们在用的书本。”
老师哭着跑了出去。
查理忽然记起了有关他变聪明的事情，在老师回到教室前离开了。
也许是意识到自己将和阿尔吉侬有一样的结局，查理在最后的报告中写道：“再见了纪尼安小姐还有医生以及所有人……”
“我要去的地方我将有许多的朋友，”
“还有，如果你有机会请放一些花在后院的阿尔吉侬的坟上。”
这只小白鼠——阿尔吉侬，才是最懂查理的人。
他一直记得它。