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认为构成世界的原初物质是形而上者的“道“。宋钘、尹文将这种原初物质称之为“气“。《黄帝内经》受这些学说的影响，也认为“气“是宇宙万物的本原，“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天“。在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。在宇宙形成之先，就是太虚。太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。阴阳五行的运动，总统着大地的运动变化和万物的发生与发展。
《黄帝内经》接受了中国古代唯物的气一元论的哲学思想，将人看作整个物质世界的一部分，宇宙万物皆是由其原初物质“气“形成的。在“人与天地相参“、“与日月相应“的观念指导下，将人与自然紧密地联系在一起。
研究治疗法则的学说称治则学说。
1.防微杜渐:包括未病先防和已病防变。如“春夏养阳、秋冬养阴“等皆言预防疾病，有病早治防其传变。
2.因时、因地、因人制宜:
因时制宜者，是告诫医者用药勿犯四时寒热温凉之气。
因地制宜者，在治疗时不可一概而论，必须加以区别。而《素问·异法方宜论》论述东南西北中“一病而治各不同“的因地制宜甚详，如东方之域，其治宜砭石;西方之域，治宜毒药;北方之域，治宜灸祔;南方之域，治宜微针;中央之域，治宜导引按偁。
因人制宜者，如《素问·五常政大论》和《素问·征四失论》所载。
3.标本先后:即因病之主次而先后施治。有关标本先后施治的大法在《素问·标本病传论》中叙述最详。
4.治病求本:这是《黄帝内经》治则中最根本的一条。《素问·阴阳应象大论》说:“治病必求于本。“
5.因势利导:在治病求本的基础上巧妙地加以权变。
6.协调阴阳:此为治疗之大法要义。
7.正治反治:正治亦称逆治，是与病情相逆的直折的治疗方法。比如“热者寒之，寒者热之，虚者补之，实者泻之“之类;反治也称从治，如“寒因寒用，热因热用，通因通用，塞因塞用“之类。
8.适事为度:无论扶正还是祛邪都应适度，对于虚实兼杂之症，尤其应当审慎。切记“无盛盛，无虚虚“，即使用补，也不能过。
9.病为本，工为标:《素问·汤液醪醴论》指出:“病为本，工为标。“这是说病是客观存在的，是本;医生认识治疗疾病，是标。医生必须以病人为根据，这样才能标本相得，治愈疾病。
10.辨证施治:《黄帝内经》虽未提出“辨证施治“一词，却有辨证施治之实。上述几点均含此意，而书中已有脏腑辨证、经络辨证、八纲辨证、六经辨证的内涵。