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11.制方遣药:《黄帝内经》虽载方药无多，但其方药之理已具。
12.针刺灸祔:《黄帝内经》言经络、腧穴、针刺、灸祔者非常多，仅仅补泻手法就有呼吸补泻、方员补泻、深浅补泻、徐疾补泻和轻重补泻等，这些手法一直被后世所沿用。
望闻问切四诊源于《黄帝内经》。
1.望诊:包括观神色、察形态、辨舌苔。
观神色者，如《灵枢·五色》、《灵枢·五阅五使》和《灵枢·五色》所载，这些在临床上都很有意义。
察形态者，是察看人的骨肉皮肤而推断病情，在临床上虚实是错综复杂的，只有知其常，才能达其变。
辨舌苔者，如《素问·热论》、《素问·刺热论》和《灵枢》所载等等。
2.闻诊:包括闻声和嗅气味。
闻声音者，是听患者的声音而诊断病情。
其次是嗅气味，如《素问·金匮真言论》所说，肝病其臭臊，心病其臭焦，脾病其臭香，肺病其臭腥，肾病其臭腐。
3.问诊:问讯患者的自觉症状，以诊断病情。
4.切诊:包括切脉与切肤。《黄帝内经》言切脉最详，主要为:三部九候法:即分头手足三部，每部分天地人三候。
人迎寸口脉法:即兼诊人迎和寸口两处之脉，互相比较。
调息法:即调医者之呼吸，诊病人之脉候。
谓胃气脉:脉象之中有无胃气，至关重要，有胃气则生，无胃气则死。
六纲脉:《黄帝内经》所载脉象很多，如浮、沉、迟、数、虚、实、滑、涩、长、短、弦、细、微、濡、软、弱、散、缓、牢、动、洪、伏、芤、革、促、结、代、大、小、急、坚、盛、躁、疾、搏、钩、毛、石、营、喘等等。但常以六脉为纲加以概括。
其次是切肤:肤泛指全身肌肤，按肌肤而协助诊断的内容很多，如“按而循之“、“按而弹之“等等。但论之最详细的是切尺肤。因为脉象与尺肤有必然的联系，故诊病时亦可互相配合。
研究疾病发生、发展、转归及变化等等之内在机理的学说称病机学说。
《素问·至真要大论》所说“审察病机，无失气宜“、“谨守病机，各司其属“都是此学说的内容。
病因:引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。风雨寒暑实为“六淫“的概括;阴阳喜怒乃“七情“的概括;饮食居处即“饮食劳倦“。可以认为这就是后世三因说之滥觞。
发病:正邪双方力量的对比，决定着疾病的发生与发展，这就是“正气存内，邪不可干“之意。《素问·上古天真论》所说“精神内守，病安从来“，《素问·评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚“等，都论证了这一点。
病变:疾病的变化是复杂的，《黄帝内经》概括病变也是多方面的，有从阴阳来概括的，用表里中外归纳的，用寒热归纳的，从虚实而论者，实指邪气盛，虚指正气衰。概括说来，有正虚而邪实者，有邪实而正不虚者，有正虚而无实邪者，有正不虚而邪不实者。